Para que uma usina seja implantada e entre em operação, são necessárias três licenças ambientais:

• Licença Prévia
  É emitida após a análise e aprovação do Estudo e do Relatório de Impacto Ambiental (EIA/RIMA) do empreendimento, que acompanham o edital de leilão e são elaborados pela empresa que faz os estudos de viabilidade dos aproveitamentos hidrelétricos. Estes documentos são elaborados após um diagnóstico da região onde a usina será construída e apontam os possíveis impactos que poderão ser causados pela obra, tanto no aspecto físico, quanto nos aspectos biótico e social. O EIA/RIMA também propõe programas de controle e redução desses impactos. Com base nas informações mostradas nesses documentos, a Licença Prévia estabelece condicionantes que deverão ser cumpridas pelo empreendedor para que a construção da hidrelétrica possa ter início.
  
  
• Licença de Instalação
  Permite o início da construção da usina, após aprovação do Projeto Básico Ambiental, o PBA, que detalha os programas socioambientais que serão desenvolvidos durante a implantação da hidrelétrica. A LI também atesta que as condicionantes da Licença Prévia foram cumpridas e estabelece novas condicionantes para a obtenção da Licença de Operação.
  
  
• Licença de Operação
  Autoriza o início da operação da usina, ou seja, sua geração de energia, após o término das obras, o cumprimento das condicionantes estabelecidas nas Licenças anteriores e a plena execução dos programas previstos no Projeto Básico Ambiental.
  
  

As licenças ambientais garantem a correta atuação dos empreendedores, seja em relação ao meio-ambiente ou à população afetada pelo projeto. São emitidas pelo órgão ambiental responsável que, no caso da UHE Foz do Chapecó, é o Ibama, já que o empreendimento abrange áreas em dois Estados. Para esta usina, já foram obtidas duas das três licenças necessárias:

Licença Prévia - em 13 de dezembro de 2002, com validade de dois anos

Licença de Instalação - em 21 de setembro de 2004, com validade de dois anos

Renovação da Licença de Instalação - em 05 de dezembro de 2006, com validade de quatro anos.